Mediacoderin käynnistys onnistuu vaikka käynnistä-valikon mediacoder hakemiston alta.
ja ensimmäisellä kerralla pitäisi aueta internet-selain, josta valitaan Start Medicoder, jonka jälkeen itse ohjelma aukeaa (Do not show this page on next startup estää tämän sivun aukeamisen jatkossa, jolloin itse Mediacoder aukeaa suoraan)
Mediacoder on hyvin yksinkertainen käyttää, jos videoihin ei halua tekstityksiä mukaan. Ohjelman käynnistyttyä valitaan aluksi Extensions -> Digital Media Players -> Apple iPod
Mediacoder saattaa antaa tässä vaiheessa seuraavan varoituksen, joka ohitetaan OK-napilla. Remember my choice and do not show this prompt -asetus kannattaa pitää päällä, varsinkin jos Mediacoderia käyttää useilla eri profiileilla, jolloin taataan se, etteivät toisten profiilien tiedot jää taustalle vaikuttamaan uusien profiilien luonteihin
jonka jälkeen aukeaa Mediacoderin oma iPod-asetusvalikko. HUOM! ilman Firefoxia tämä valikko ei aukea enää uudemmissa Mediacoderin versioissa!
josta voidan valita halutaanko Video ottaa mukaan ja missä muodossa (MPEG-4 ASP on nopeampi muuntaa, mutta MPEG-4 AVC tarjoaa paremman kuvanlaadun). Audio-kohtaan kannattaa videoita muunnettaessa valita AAC. Resolution-kohtaan 320x240 on hyvä oletus, mutta uudempien iPodien ja iPhonen kanssa myös 640x480 on käyttökelpoinen. Cropping-kohdan avulla videoista voi leikata osan pois, jotta kuvasuhde säilyy oikeana (No Cropping ei leikkaa mitään pois, mutta videon reunoille saattaa tulla mustaa, jotta kuvasuhde saadaan 4:3-muotoon. Crop to Fit -valinnalla muunnettavasta videosta leikataan 4:3 osa muunnokseen ja Expand to Fit säilyttää kovasuhteen ja lisää tarvittaessa mustaa reunoille). Frame rate -kohdasta voidaan valita uusi FPS-arvo. Arvo kannattaa pitää samassa alkuperäisen videon kanssa, jolloin muunnettavaan videoon ei tule häiritsevää nykimistä. Video Bitrate -kohdasta valitaan bitrate videolle (600 on tarpeeksi 320x240-resoluution videolle ja 1000 on tarpeeksi 640x480-resoluution videolle). Audio Bitrate -kohdasta valitaan audion laatu eli ts. audion bitrate.
Tämän jälkeen voidaan ohjelman pääikkunasta lisätä videot, jotka halutaan muuntaa iPod:lle. Add file -valinnalla lisätään yksittäinen tiedosto muunnettavaksi ja Add Folder -valinnalla lisätään yksittäisen hakemiston kaikki videot.
Jos irtotekstit haluaa kiinteästi mukaan iPodille, täytyy tehdä yksi alkuvalmistelu. Tämä on elokuvan ja tekstityksen nimeäminen samalla tavalla, eli esimerkiksi elokuvan_nimi.avi ja elokuvan_nimi.srt (tiedostojen pitää olla myös samassa kansiossa). Valitettavasti irtotekstin koon säätäminen ei toimi kunnolla toistaiseksi, joten tekstitys saattaa näkyä liian pienenä/suurena. Mediacoderin oman iPod-asetusvalikon kautta voi tarkistaa tekstien toimimisen painamalla Preview-nappia, jonka pitäisi toistaa video tekstien kanssa.